Το ΚΔΕΟΔ κατά τη διάρκεια της πρώτης περιόδου λειτουργίας του (1978-1986) είχε την έδρα του στο κέντρο της Θεσσαλονίκης, στην πλατεία Μοριχόβου. Στη συνέχεια το 1987 μετακόμισε στην περιοχή του Φοίνικα της Καλαμαριάς σε ένα κτήμα έκτασης 16 στρεμμάτων. Το νέο κτίριο 3.300 τμ2 περίπου σχεδιάστηκε από το αρχιτεκτονικό γραφείο των Καθηγητή Δ. Φατούρου, Γ. Μπαξεβάνη, Γ. Παναγιωτίδη και Κ. Πασιά, ενώ η κατασκευή του χρηματοδοτήθηκε από την ευρωπαϊκή ένωση.

Εκτός από τους χώρους εργασίας το ΚΔΕΟΔ διαθέτει το Αμφιθέατρο «Δημήτριος Ευρυγένης» χωρητικότητας 170 ατόμων με πλήρη τεχνικό εξοπλισμό και ταυτόχρονη μετάφραση, δύο αίθουσες σεμιναρίων, Βιβλιοθήκη, Αναγνωστήριο, Χώρο υποδοχής, έναν όμορφο κήπο δίπλα στη θάλασσα και χώρο στάθμευσης αυτοκινήτων.

Από το 1995 το ΚΔΕΟΔ φιλοξενεί στις εγκαταστάσεις του, την Εθνική Σχολή Δικαστικών Λειτουργών σε ξεχωριστό κτίριο.

Το 2016 το ΚΔΕΟΔ φιλοξένησε επίσης, τις ακαδημαϊκές συναντήσεις και τις επιστημονικές εκδηλώσεις των μελών του «Εργαστηρίου Μελέτης για τη διαφάνεια, τη Διαφθορά και το Οικονομικό Έγκλημα» της Νομικής Σχολής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, καθώς το αντικείμενο του συγκεκριμένου εργαστηρίου σχετίζεται στενά με τα ενδιαφέροντα του ΚΔΕΟΔ.