Το ΚΔΕΟΔ διοικείται από εξαμελές Συμβούλιο, το οποίο αποτελείται από τον Πρόεδρο, τον Διευθυντή, και τον Γραμματέα με συμβουλευτική ψήφο, από έναν εκπρόσωπο του Εμπορικού και Βιομηχανικού Επιμελητηρίου Θεσσαλονίκης, από έναν εκπρόσωπο του Δικηγορικού Συλλόγου Θεσσαλονίκης και από έναν εκπρόσωπο του Υπουργείου Ανάπτυξης και Επενδύσεων. Το Συμβούλιο διορίζεται με απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Επενδύσεων.

Από τον Σεπτέμβριο του 2020 η σύνθεση του Διοικητικού Συμβουλίου έχει ως εξής:

Πρόεδρος του Δ.Σ: Βασίλειος Σκουρής, Ομότιμος Καθηγητής της Νομικής Σχολής του Α.Π.Θ. Πρώην Πρόεδρος του Δικαστηρίου της Ευρωπαϊκής Ένωσης
Διευθύντρια: Χριστίνα Δεληγιάννη-Δημητράκου, Καθηγήτρια Συγκριτικού Δικαίου της Νομικής Σχολής του Α.Π.Θ.
Γραμματέας: Βιργινία Τζώρτζη, Επίκουρη Καθηγήτρια της Νομικής Σχολής του Δ.Π.Θ
Μέλη:

Ιωάννης Μωραϊτίδης, μέλος του ΔΣ του Εμπορικού και Βιομηχανικού Επιμελητηρίου Θεσσαλονίκης, ως εκπρόσωπος του Ε.Β.Ε.Θ.

Ευστάθιος Κουτσοχήνας, Πρόεδρος του Δικηγορικού Συλλόγου Θεσσαλονίκης, ως εκπρόσωπος του Δ.Σ.Θ.

Ροζάννα Σεμερτζιάν, Υπάλληλος του Υπουργείου Ανάπτυξης και Επενδύσεων, ως εκπρόσωπος του Υπουργείου Ανάπτυξης και Επενδύσεων

Διατελέσαντες Πρόεδροι του ΚΔΕΟΔ

  • Φωκίων Φραντζεσκάκης: 1978 – 1981
  • Δημήτριος Ευρυγένης: 1981 – 1984
  • Αργύρης Φατούρος: 1984 – 1990
  • Κρατερός Ιωάννου: 1990 – 1997
  • Βασίλειος Σκουρής: 1997 – έως σήμερα

Διατελέσαντες Διευθυντές του ΚΔΕΟΔ

  • Αθανάσιος Καΐσης: 2005 – 2007
  • Ευαγγελία Κουτούπα: 2007 – 2011
  • Βασίλειος Χριστιανός: 2011 – 2018
  • Χριστίνα Δεληγιάννη-Δημητράκου 2018 έως σήμερα